研究兴趣
人工智能与科学领域的交叉研究（AI for Science）。研究聚焦于机器学习、大语言模型等前沿AI技术在生物、化学、材料科学及医学等关键科学领域的创新应用，致力于通过AI驱动的科研新范式，加速科学发现与知识创造。欢迎具有计算机科学、数据科学、生命科学、化学等背景的优秀学生与学者加入团队，共同探索人工智能驱动下的科学新前沿。
研究方向
- 智能化分子设计：应用生成模型设计与合成特定功能分子，包括具有定制化性质的小分子化合物以及能特异性结合靶点的多肽与RNA。
- 分子手性解析：通过算法设计与表征学习，解码和预测手性分子的立体化学构型及其特性。
- 生物医学图像处理：开发深度学习算法，实现对生物医学影像的复杂模式识别与分析，推动智能医疗发展。
新闻
2025
| 时 间 | 新 闻 |
|---|---|
| 9月18日 | 润晗关于反应预测的工作"Reaction Prediction via Interaction Modeling of Symmetric Difference Shingle Sets"被NeurIPS 2025接收。祝贺! |
| 9月2日-4日 | 课题组赴荷兰奈梅亨参加2025计算结构免疫学研讨会(CSI2025)。杨老师作题为"在TCR-pMHC复合物中抗原肽设计的应用"的特邀报告。 |
| 8月21日-23日 | 课题组参加2025生物信息学与智能信息处理会议(BIIP2025)。杨老师作题为"分子大模型在化合物设计与合成中的突破与展望"的特邀报告。 |
| 7月26日 | 祝贺由乐天、闰哲和润晗组成的“307化学家”小队在第三届世界科学智能大赛材料设计赛道中荣获二等奖！ |
| 7月16日 | 我们的合作论文"BatGPT-Chem: A Foundation Large Model For Chemical Engineering"被Research期刊(中科院1区)接收。祝贺! |
| 7月10日 | 课题组在交大计算机学院组织举办”科学与智能前沿讲座第三期“学术活动。 |
| 6月13日 | 一川和谷风提出的手性分子分类模型ChiralCat被Artificial Intelligence Chemistry期刊接收。祝贺！ |
| 6月8日 | 课题组在交大计算机学院组织举办”人工智能赋能生物医学创新论坛“学术活动。 |
| 5月9日 | 我们申请的关于"Large Foundation Models for Multi-Modal Learning in Bioinformatics and Biomedicine Informatics的 Workshop 被 BIBM'2025 正式接收。欢迎投稿！ |
| 4月26日 | 杨老师出席CCF BIO-3New会议，并发表特邀报告：从知识挖掘到生成式设计：AI驱动的分子定制化生成。 |
| 4月12日 | 杨老师出席第四届中国智能健康与生物信息大会，并主持分会场三：AI驱动的创新药物研发。 |
| 3月20日 | 谷风构建的包含多种手性类型的手性配体/催化剂开源数据库被Journal of Cheminformatics期刊接收。祝贺！ |
| 3月4日 | 润晗提出的跨模态预训练方法预测反应产率的工作被Artificial Intelligence Chemistry期刊接收。祝贺！ |
| 2月13日 | 轶翀提出用于RNA设计的强化学习方法被Briefings in Bioinformatics期刊接收。祝贺！ |
| 1月24日 | 宇佳提出的长非编码RNA亚细胞定位工作被Quantitative Biology期刊接收。祝贺! |
| 1月23日 | 我们的合作论文"Chain-of-Focus Prompting: Leveraging Sequential Visual Cues to Prompt Large Autoregressive Vision Models"被ICLR 2025接收。祝贺! |
| 1月17日 | 艺飞的工作 "ZeRPI: A Graph Neural Network Model for Zero-Shot Prediction of RNA-Protein Interactions"被Methods期刊接收。祝贺! |
| 1月14日 | 宇阳和艺飞顺利通过了硕士学位答辩，祝贺他们！ |
2024
| 时 间 | 新 闻 |
|---|---|
| 12月30日 | 杨老师在上海交通大学主持了科学与智能前沿讲座，并发表了题为“AI赋能化学科学研究”的演讲。 |
| 12月19日 | 谷风提出的 关于反应性能预测的工作被Journal of Chemial Information and Modeling接收。祝贺! |
| 12月8-9日 | 杨老师参加了BMDMC 2024并做了题为“面向半监督医学影像分割的不确定性研究”的邀请报告。 |
| 12月2-7日 | 实验室成员参加了BIBM 2024。杨老师和文婧发表了口头报告。杨老师和洪老师共同组织了workshop。 |
| 12月1日 | 乐天、润晗和谷风获得第二届世界科学智能大赛“物质科学赛道”三等奖，祝贺他们！ |
| 10月26-27日 | 实验室成员参加世界生物医药与人工智能大会，杨老师担任医学影像处理分会场的主席。 |
| 8月19-22日 | 实验室成员参加了第26届物理有机化学国际会议（ICPOC 2024），谷风和乐天展示了他们关于逆合成大模型和分子手性表征的海报。 |
| 8月6-7日 | 杨老师参加了在日本理化学研究所先进智能研究中心举办的第二届RIKEN AIP-SJTU CS双边研讨会(日程)，并在会上发表了题为“基于不确定性的医学图像半监督分割模型”的演讲。 |
| 7月19-21日 | 实验室成员参加了2024年国际生物信息学研究与应用研讨会（ISBRA 2024）。艺飞和宇佳分别就RNA与蛋白质绑定预测和RNA亚细胞定位预测的研究工作进行了口头报告。 |
| 7月5日 | 实验室成员参加了2024ACM中国图灵大会，杨老师发表了题为“深度学习革新化学信息学：模型演进与应用”的分论坛特邀报告。 |
| 6月15日 | 实验室成员参加了生物信息学与智能信息处理2024年学术会议（BIIP2024），杨老师和润晗分别发表了关于化学领域大模型和多视图学习用于化学反应预测的专题报告。 |
| 5月30日 | 我们构建的包含1800+不同手性类型的手性配体/催化剂数据库CLC-DB正式上线！ |
| 5月30日 | 轶翀和文婧通过了博士开题答辩。祝贺他们！ |
| 5月24日 | 杨老师在第13届上海交通大学血管病论坛(SJVF 2024)上发表了题为“大模型驱动的医学影像分析：从单一模态到多模态学习”的特邀报告。 |
| 5月16日 | 我们的合作论文“Measuring Bargaining Abilities of LLMs: A Benchmark and A Buyer-Enhancement Method”被ACL Findings接受。祝贺！ |
| 5月7日 | 我们申请的关于"Large Foundation Models for Multi-Modal Learning in Bioinformatics and Biomedicine Informatics的 Workshop 被 BIBM'2024 正式接收。欢迎投稿！ |
| 4月17日 | 宇阳提出用于解决 GNN过平滑问题的ClusterDrop模型，被 International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI 2024) 接收。祝贺宇阳！ |
| 4月15日 | 我们的 GaCaMML 论文在Artificial Intelligence in Medicine期刊发表。祝贺瑜璋和国帅！ |
| 3月29日 | 祝贺泽北、国帅、郭廓和靖瑶获得了计算机科学硕士学位！ |
| 2月25日 | 润晗提出的大规模化学反应预训练方法 RMVP 发表在 Journal of Cheminformatics。祝贺润晗！ |
| 2月23日 | 泽北作为共同一作完成的工作CGMega被 Nature Communications 期刊接收。祝贺泽北！ |
| 2月22日 | 我们关于预测circRNA与蛋白结合的合作工作 CircSite 发表在 Computers in Biology and Medicine。祝贺！ |
| 2月10日 | 国帅参与的 新型 Al-Zn-Mg-Cu-Zr-Hf 合金设计 的工作发表在 Materials Today Communications。祝贺国帅！ |